差分
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memo [2017/10/24 08:55] hasegawa |
memo [2017/10/28 01:56] (現在) hasegawa |
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|---|---|---|---|
| ライン 13: | ライン 13: | ||
| ====== Ubuntu 関係====== | ====== Ubuntu 関係====== | ||
| + | [[memo:ubuntu]] | ||
| - | aptでユーザ認証付きのプロキシサーバを使用する場合， | ||
| - | /etc/apt/apt.conf | ||
| - | を編集する． | ||
| - | なお，username，password，proxy.addressはそれぞれ適切なものに書き替える． | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | Aciquire::http::Proxy "http://username:password@proxy.address:8080" | ||
| - | Aciquire::https::Proxy "http://username:password@proxy.address:8080" | ||
| - | Aciquire::ftp::Proxy "http://username:password@proxy.address:8080" | ||
| - | Aciquire::socks::Proxy "http://username:password@proxy.address:8080" | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | |||
| - | NvidiaのGTX-1080をUbuntuで使う際にハマったのでメモ。 | ||
| - | |||
| - | ドライバーを提供しているリポジトリを登録するために | ||
| - | (https://launchpad.net/~graphics-drivers/+archive/ubuntu/ppa) | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | sudo add-apt-repository ppa:graphics-drivers/ppa | ||
| - | ``` | ||
| - | としたが、 | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | Cannot add PPA: 'ppa:~graphics-drivers/ubuntu/ppa'. | ||
| - | ERROR: '~graphics-drivers' user or team does not exist. | ||
| - | ``` | ||
| - | というエラーが出て追加登録できない。 | ||
| - | aptのproxy設定は上述の通り済ませてある。 | ||
| - | |||
| - | https://qiita.com/aKenjiKato/items/18f9b8553f8ad4117d79 | ||
| - | にあるように、 | ||
| - | |||
| - | > add-apt-repository は apt.confのプロキシ設定を見ていないかもしれない | ||
| - | |||
| - | ので、.bashrcに | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | http_proxy=http://username:password@proxy.address:8080 | ||
| - | https_proxy=https://username:password@proxy.address:8080 | ||
| - | ftp_proxy=ftp://username:password@proxy.address:8080 | ||
| - | ``` | ||
| - | を記述して、 | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | sudo -E add-apt-repository ppa:graphics-drivers/ppa | ||
| - | ``` | ||
| - | で無事に追加できた。 | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | sudo add-apt-repository ppa:graphics-drivers/ppa | ||
| - | sudo apt-get update | ||
| - | sudo apt-get install nvidia-384 #2017/10/12現在 | ||
| - | sudo apt-get install mesa-common-dev | ||
| - | sudo apt-get install freeglut3-dev | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | CUDAのインストール | ||
| - | |||
| - | ※Cuda toolkit 9 と CuDNN 7 では Tensorflow（2017/10/18のバージョン）が動かない。 | ||
| - | |||
| - | https://developer.nvidia.com/cuda-toolkit | ||
| - | からOSなどを選択してcuda_8.0.61_375.26_linux.runをダウンロード（2017/10/12のバージョン） | ||
| - | |||
| - | - CTRL+ALT+F1を押してXを抜ける | ||
| - | - CUI環境になるので、アカウントにloginする | ||
| - | - sudo init 3 を実行して非X環境にする（これをしないとXがファイルをロックして失敗する） | ||
| - | - cuda_8.0.61_375.26_linux.run（インストーラ）を実行 | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | cd Downloads | ||
| - | sudo sh ./cuda_8* | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | 全部Yes、場所は初期設定のまま。終わったら再起動 | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | sudo reboot | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | ログインしようとしても失敗してログイン画面に戻されるので、 | ||
| - | CTRL+ALT+F1を押してXを抜けCUI環境に行く。 | ||
| - | グラフィックボードのドライバを再インストールする。 | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | sudo apt-get install nvidia-384 --reinstall #2017/10/12現在 | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | 再起動して、無事にログインできるようになった。 | ||
| - | |||
| - | .bashrcの末尾に以下を記述してパスを通す | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | # CUDA | ||
| - | export PATH=/usr/local/cuda-8.0/bin${PATH:+:${PATH}} | ||
| - | export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-8.0/lib64${LD_LIBRARY_PATH:+:${LD_LIBRARY_PATH}} | ||
| - | export CUDA_HOME=/usr/local/cuda | ||
| - | ``` | ||
| - | 他のユーザでも使えるようにパスを通す。 | ||
| - | |||
| - | 環境変数パス | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | sudo touch /etc/profile.d/cuda.sh | ||
| - | sudo vi /etc/profile.d/cuda.sh | ||
| - | ``` | ||
| - | 中身は | ||
| - | ``` | ||
| - | ## set PATH for CUDA | ||
| - | PATH="/usr/local/cuda-8.0/bin${PATH:+:${PATH}}" | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | 同様にライブラリの検索パス | ||
| - | ``` | ||
| - | sudo touch /etc/ld.so.conf.d/cuda.conf | ||
| - | sudo vi /etc/ld.so.conf.d/cuda.conf | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | 中身は | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | ## CUDA support | ||
| - | /usr/local/cuda-8.0/lib64 | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | sudo ldconfig | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | cuDNN | ||
| - | |||
| - | https://developer.nvidia.com/rdp/cudnn-download | ||
| - | から | ||
| - | |||
| - | - cuDNN v6.0 Runtime Library for Ubuntu16.04 (Deb) | ||
| - | - cuDNN v6.0 Developer Library for Ubuntu16.04 (Deb) | ||
| - | - cuDNN v6.0 Code Samples and User Guide for Ubuntu16.04 (Deb) | ||
| - | をダウンロードして、以下のコマンドでインストールする。 | ||
| - | |||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | sudo dpkg -i libcudnn6_6.0*+cuda8.0_amd64.deb | ||
| - | sudo dpkg -i libcudnn6-dev_6.0*+cuda8.0_amd64.deb | ||
| - | sudo dpkg -i libcudnn6-doc_6.0*+cuda8.0_amd64.deb | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | Python環境の構築 | ||
| - | |||
| - | pyenvをGitHubのリポジトリをクローンして導入し、 | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git ~/.pyenv | ||
| - | pyenv install --list | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | 最新のAnacondaを入れる。2017/10/18現在はanaconda3-5.0.0 | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | pyenv install anaconda3-5.0.0 | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | 設定 | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | pyenv global anaconda3-5.0.0 | ||
| - | echo 'export PATH="$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.0.0/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc | ||
| - | source ~/.bashrc | ||
| - | ``` | ||
| - | 確認 | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | python --version | ||
| - | ``` | ||
| - | Python 3.6.2 :: Anaconda, Inc.と出ればOK | ||
| - | |||
| - | Ubuntu 16.04 LTSではPython3.5.2までしか対応していないため、anaconda3-5.0.0（Pythonのバージョンは3.6）を単純に入れるだけではpython3.5-devを使うOpenCVのビルド時にPython3対応ができない。 | ||
| - | 詳しくはOpenCVのところを参照 | ||
| - | |||
| - | |||
| - | Tensorflowのインストールは公式サイトのAnaconda使用の場合を参照 | ||
| - | |||
| - | https://www.tensorflow.org/install/install_linux#InstallingAnaconda | ||
| - | |||
| - | |||
| - | |||
| - | OpenCV | ||
| - | |||
| - | https://qiita.com/mix_dvd/items/4bf7f6e7fa19068ea1d4 | ||
| - | を参考にしたが、 | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | Built target opencv_cudafilters | ||
| - | Makefile:160: ターゲット 'all' のレシピで失敗しました | ||
| - | make: *** [all] エラー 2 | ||
| - | ``` | ||
| - | というエラーが出たので、 | ||
| - | http://answers.opencv.org/question/100907/not-able-to-install-opencv31-in-ubuntu1604-cuda-80/ | ||
| - | を参考に | ||
| - | cmakeの引数に*-D CUDA_ARCH_BIN=6.1*を追加（GTX-1080なので） | ||
| - | |||
| - | 今度は | ||
| - | ``` | ||
| - | Built target opencv_cvv | ||
| - | Makefile:160: ターゲット 'all' のレシピで失敗しました | ||
| - | make: *** [all] エラー 2 | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | cmake -D CMAKE_BUILD_TYPE=RELEASE \ | ||
| - | -D CUDA_ARCH_BIN=6.1 \ | ||
| - | -D CUDA_ARCH_PTX=6.1 \ | ||
| - | -D CUDA_FAST_MATH=1 \ | ||
| - | -D WITH_CUBLAS=ON \ | ||
| - | -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local \ | ||
| - | -D INSTALL_C_EXAMPLES=ON \ | ||
| - | -D BUILD_NEW_PYTHON_SUPPORT=ON \ | ||
| - | -D INSTALL_PYTHON_EXAMPLES=ON \ | ||
| - | -D WITH_TBB=ON \ | ||
| - | -D WITH_V4L=ON \ | ||
| - | -D WITH_QT=ON \ | ||
| - | -D WITH_OPENGL=ON ENABLE_FAST_MATH=1 \ | ||
| - | -D OPENCV_EXTRA_MODULES_PATH=../../opencv_contrib/modules \ | ||
| - | -D BUILD_EXAMPLES=ON .. | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | 面倒になったので、Anacondaで入れた。Python以外からも使えるのかなどはわからない。 | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | conda install -c menpo opencv3 | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | https://qiita.com/PonDad/items/cbef5dca04a1c1a201b0 | ||
| - | によると、自分でビルドしないと動画を取り扱えないとのこと。 | ||
| - | 諦めて同記事を参考に入れてみる。 | ||
| - | |||
| - | が、結局ダメで、 | ||
| - | http://mashup.hatenablog.com/entry/2017/05/16/200000 | ||
| - | にあるとおりにOpenCV3.2でEXTRA_MODULESなしでどうにか入った。 | ||
| - | |||
| - | と思ったらpython3からOpenCV3.2が使えず、Anacondaで入れた3.1しか見つからない。 | ||
| - | cmakeの結果を見てもUnavailable: python3となっている。 | ||
| - | |||
| - | |||
| - | 以下は基本的に | ||
| - | https://qiita.com/Kumapapa2012/items/7f0acaa504de6e87c7f0#conda-%E4%BD%9C%E6%A5%AD%E7%92%B0%E5%A2%83%E3%81%AE%E4%BD%9C%E6%88%90 | ||
| - | |||
| - | に従うが、LD_LIBRARY_PATHの設定は不要 | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | echo $LD_LIBRARY_PATH | ||
| - | ``` | ||
| - | 出力は | ||
| - | **/usr/local/cuda-8.0/lib64** | ||
| - | |||
| - | |||
| - | python352-MLという名前でPython3.5.2を含むAnaconda環境を作る | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | conda create -n python352-ML python=3.5.2 | ||
| - | source activate python352-ML | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | sudo apt install python3.5-dev | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | conda install -n python352-ML curl numpy cmake | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | ここからはconda環境から抜ける | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | source deactivate python352-ML | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | EXTRA_MODULESを入れるとコケるので、再び | ||
| - | http://mashup.hatenablog.com/entry/2017/05/16/200000 | ||
| - | にあるとおりにOpenCV3.2でEXTRA_MODULESなしで以下のcmakeオプションでうまく行った。 | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | cmake -D CMAKE_BUILD_TYPE=RELEASE \ | ||
| - | -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local \ | ||
| - | -D INSTALL_C_EXAMPLES=OFF \ | ||
| - | -D INSTALL_PYTHON_EXAMPLES=ON \ | ||
| - | -D WITH_CUDA=ON \ | ||
| - | -D ENABLE_FAST_MATH=1 \ | ||
| - | -D CUDA_FAST_MATH=1 \ | ||
| - | -D WITH_CUBLAS=1 .. | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | cmakeの結果のPython3関係は以下の通り | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | -- Python 3: | ||
| - | -- Interpreter: /home/haselab/.pyenv/versions/anaconda3-5.0.0/envs/python352-ML/bin/python3 (ver 3.5.2) | ||
| - | -- Libraries: /home/haselab/.pyenv/versions/anaconda3-5.0.0/envs/python352-ML/lib/libpython3.5m.so (ver 3.5.2) | ||
| - | -- numpy: /home/haselab/.local/lib/python3.5/site-packages/numpy/core/include (ver 1.13.3) | ||
| - | -- packages path: /home/haselab/.pyenv/versions/anaconda3-5.0.0/envs/python352-ML/lib/python3.5/site-packages | ||
| - | -- | ||
| - | -- Python (for build): /home/haselab/.pyenv/versions/anaconda3-5.0.0/envs/python352-ML/bin/python3 | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | make -j $(nproc) | ||
| - | sudo make install | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | 確認 | ||
| - | ``` | ||
| - | haselab@g-hasegawa09:~/opencv/opencv-3.2.0/build$ source activate python352-ML | ||
| - | (python352-ML) haselab@g-hasegawa09:~/opencv/opencv-3.2.0/build$ python3 | ||
| - | Python 3.5.2 |Continuum Analytics, Inc.| (default, Jul 2 2016, 17:53:06) | ||
| - | [GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux | ||
| - | Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. | ||
| - | >>> import cv2 | ||
| - | >>> cv2.__version__ | ||
| - | '3.2.0' | ||
| - | ``` | ||
| - | python352-ML環境を標準で使って欲しいので、.bashrcのPATHの部分を一部書き換える。 | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | #export PATH="$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.0.0/bin:$PATH" | ||
| - | export PATH="$PYENV_ROOT/versions/anaconda3-5.0.0/envs/python352-ML/bin:$PATH" | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | Parallels Desktopに入れたUbuntu 16.04のaptで使用するサーバがアメリカだったので，日本のサーバに変更 | ||
| - | https://launchpad.net/ubuntu/+archivemirrors | ||
| - | によると，山形大学の回線が太いので，山形大学のミラーを使用させてもらう． | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | sudo sed -i.bak -e "s%http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu/%http://linux.yz.yamagata-u.ac.jp/pub/linux/ubuntu-archive/%g" /etc/apt/sources.list | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | aptでは古いRが入るので，新しいRを入れる． | ||
| - | |||
| - | http://qiita.com/JeJeNeNo/items/43fc95c4710c668e86a2 | ||
| - | を参考に， | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | echo -e "\n## For R package" | sudo tee -a /etc/apt/sources.list | ||
| - | echo "deb https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)/" | sudo tee -a /etc/apt/sources.list | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | gpgコマンドでの公開鍵の取得がプロキシ環境では上手くいかないので，apt-keyコマンドを使う | ||
| - | |||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | #sudo apt-key adv --keyserver-option http-proxy=http://username:password@proxy.address:8080 --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 --recv-keys E084DAB9 | ||
| - | sudo -E apt-key adv --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 --recv-keys E084DAB9 # こっちでいけた | ||
| - | apt-key export E084DAB9 | sudo apt-key add - | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | sudo apt update | ||
| - | sudo apt install r-base | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | .Rprofileを作成し，R起動オプションにプロキシを設定 | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | touch .Rprofile | ||
| - | echo "Sys.setenv(http_proxy=\"http://username:password@proxy.address:8080/\")" | sudo tee -a ~/.Rprofile | ||
| - | echo "Sys.setenv(https_proxy=\"https://username:password@proxy.address:8080/\")" | sudo tee -a ~/.Rprofile | ||
| - | echo "Sys.setenv(ftp_proxy=\"ftp://username:password@proxy.address:8080/\")" | sudo tee -a ~/.Rprofile | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | **\"http中略8080/\"**のように，プロキシアドレスをくくる引用符はエスケープしておく必要がある． | ||
| - | |||
| - | |||
| - | Rに追加パッケージをインストール | ||
| - | |||
| - | パッケージ保存先のパーミッションの兼ね合いで，sudoを付けて起動する． | ||
| - | |||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | sudo -E R | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | install.packages("RColorBrewer") | ||
| - | install.packages("dichromat") | ||
| - | install.packages("viridis") | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | ===== Bash on Ubuntu on Windows関係 ===== | ||
| - | |||
| - | ホームディレクトリを変更 | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | sudo vi /etc/passwd | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | username:x:1000:1000:"",,,:/home/username:/bin/bash | ||
| - | ``` | ||
| - | を | ||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | username:x:1000:1000:"",,,:/mnt/c/Users/username:/bin/bash | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | |||
| - | に変更する．exitする前に，既存ファイルを新しいホームディレクトリに移動する． | ||
| - | |||
| - | |||
| - | ``` | ||
| - | cd ~ | ||
| - | cp -p .* /mnt/c/Users/username | ||
| - | ``` | ||
| - | |||
| - | Rでグラフを描画する等，GUIを使うためには，Xmingを使う必要がある． | ||
| - | |||
| - | 手順は | ||
| - | http://qiita.com/makky0620/items/e31edc90f22340d791ff | ||
| - | を参照 | ||
| - | |||
| - | NeoVimとNvim-R | ||
| - | https://github.com/neovim/neovim/wiki/Installing-Neovim | ||
| ====== テキスト編集 ====== | ====== テキスト編集 ====== | ||
